《我的宠物恐龙》讲述的是小男主人公杰克和他的朋友查尔斯、阿贝等人痴迷于UFO，经常到森林“狩猎UFO”，遗憾的是他们并没有找到任何外星生物的痕迹，却意外收集了一些奇怪的粘质物，并将其带回了家。机缘巧合之下，杰克用粘质物创造出了一只恐龙，一只十分可爱的、充满好奇心、形似剑龙的变色恐龙，并取名“马格纳斯”。为了避免马格纳斯人们被发现，杰克决心要把它藏起来，但是随着小恐龙的身体呈指数增长，杰克和他的小伙...

第二集中，尼奥（基努·里维斯KeanuReeves饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩LaurenceFishburne饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将...